Qute Mol
Pada
pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang dapat
dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya adalah
aplikasi qutemol.
Qutemol
merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di
linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang
cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi
ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta
pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan
serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas sehingga
kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam
bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
1. Dalam melakukan pengamatan visual
pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan
kita amati. Hal ini dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan
dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah
pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada
tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar
berikut:
2. Klik ikon browse seperti pada gambar
dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file
molekul yang akan diamati.
3. Pilih file yang akan diamati lalu
klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file
H2O.pdb
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk
molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual
yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada
menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.
5. Pada tab preset kita dapat mengatur
bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual
yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilik (klik)
menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah
sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule
of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
6. Selanjutnya pada tab Geometry kita
akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan
‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada tab customize kita dapat
menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana
pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi,
kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8. Selanjutnya, selain berfungsi
sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar
molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar
dibawah ini.
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu
dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png
Semoga
bermanfaat, selamat mencoba!
Tidak ada komentar:
Posting Komentar